琼脂糖是线性的多聚物，基本结构是1,3连结的β-D-半乳糖和1,4连结的3,6-内醚-L-半乳糖交替连接起来的长链。琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物。琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。
用途：
琼脂、琼脂糖因为有特殊的胶凝性质，尤其有显著的稳固性、滞度和滞后性，并且易吸收水分，有特殊的稳定效应；已经广泛使用于食用、医药、化工、纺织、国防等领域，据不*统计，琼脂、琼脂糖的用途已有1000多种，被上称为“东亚产品”。在食品工业中可用于生产：水晶软糖、定型软糖、水产品、肉类罐头、果汁饮料、果肉饮料、米酒饮料、乳品饮料、精品、乳品蛋糕。
由于其良好的生物相容性又广泛用于生物分离介质的生产。
简单地说，把琼脂中的琼脂果胶去掉，剩下的部分，就是琼脂糖。
琼脂糖和琼脂的区别：
1.成分不同。琼脂糖简单来说是线性多聚物，由半乳糖交替连接而成。而琼脂是由海藻中提取出来的多糖体，也是目前世界上用途为广泛的海藻胶之一。
2.特点不同。琼脂糖在水中一般是加热到90摄氏度以上才会溶解，当温度下降到35-40摄氏度时会形成半固体状凝胶。凝胶强度越高，琼脂糖的凝胶性能就越好。而琼脂是植物胶中的一种，大多用麒麟菜等海产制成，无色，没有固定形状，成固态i，易溶解在热水中，广泛用于食品工业中，也常常被用于细菌培养基。
3.作用不同。琼脂糖在食品工业中课被用于生产水晶软糖，水产品，果汁饮料，乳品蛋糕等东西。而琼脂则是用于增稠，凝固，悬浮，乳化等功能，也被广泛用于制造多种多样的饮品。
