琼脂糖是线性的多聚物，基本结构是1,3连结的β-D-半乳糖和1,4连结的3,6-内醚-L-半乳糖交替连接起来的长链 。琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物。琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。
琼脂糖Agarose，缩写为AG，是琼脂中不带电荷的中性组成成份，也译为琼胶素或琼胶糖。琼胶糖化学结构是由1,3连结的β-D-半乳糖和1,4连结的3,6-内醚-L-半乳糖交替连接起来的长链构成 。
来源于红藻的多糖，其主要成分为多聚半乳糖，其中约70%为琼脂糖，30%为支链琼脂糖。琼脂糖具线型结构,由D-半乳糖和3,6-脱水半乳糖通过β-1，4和α-1，3连接交替形成重复双糖单位。支链琼脂糖则从β-1，3键分出另一链。 用热水从海藻抽提的物质约含40%琼脂。市售的琼脂(俗称洋菜)常呈片状或疏松绳索状，通常作食用胶质，药物包装剂或细菌培养基使用。纯制的琼脂糖常在生物化学实验室中，作为电泳、层析等技术中的半固体支持物，用于生物大分子或小分子物质的分离和分析。
琼脂，它的英文名为agar。这个词来源于马来语的agar-agar，意思是胶状物。又名琼胶、菜燕、冻粉，是一类从石花菜及其它红藻类(Rhodophyceae)植物提取出来的藻胶(phycocottoid)，在我国及日本已有三百多年(1658年)的历史。中国人亦称为洋菜或冻粉。日本人称之为寒天(kanten)，因为它在冬天收获。中国台湾人叫它菜燕，和燕窝的质感差不多。韩国人的叫法是??(不知道啥意思)。
琼脂作为一种*的食品在我国已经有悠久的历史。它是从大型海洋藻类石花菜、紫菜、江篱等提取分离制成的，广泛应用于食品和生化等行业。我们常吃的果冻、冰淇淋、糕点、软糖、罐头、八宝粥中都含有琼脂。我国的山东、福建、广东、海南等拥有*的海洋资源和气候条件，适宜大型海洋藻类的生长，是生产琼脂的主要地区，产品远销世界各地。
琼脂是由琼脂糖(agarose)和琼脂果胶(agaropectin)组成的。琼脂糖是线性的多聚物，琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物。它们的结构相似，但带硫酸根和羧基组分，凝胶能力差。其熔点:260-481.5℃，相对密度:1.81g/cm3。
溶胶性能方面：琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。质量较好的琼脂糖强度通常在1200克/cm2以上(1%胶浓度)。琼脂糖的凝胶性是由存在的氢键所致，凡是能破坏氢键的因素都能导致凝胶性的破坏。琼脂糖具有亲水性，并几乎*不存在带电基团，对敏感的生物大分子极少引起变性和吸附，是理想的惰性载体。在琼脂糖制备过程中需要把琼脂果胶尽量去除，否则琼脂糖有可能存在极微量硫酸根和丙酮酸取代电离基团，就会造成电内渗(EEO)，电内渗对质点的移动产生影响。质量较好的琼脂糖硫酸根含量比较低，通常在0.2%以下，电内渗比较小，通常在0.13以下。这也就是琼脂糖比琼脂贵那么多的原因了。
1937年荒木第一次从琼脂中分离出琼脂糖，但直到1961年Hjertin首先发现了琼脂糖优异的使用性能后才引起了越来越多的关注，并开始工业生产。琼脂糖广泛应用于临床化验、生化分析和生物大分子物质的分离等领域。
因琼脂、琼脂糖因为有特殊的胶凝性质，尤其有显著的稳固性、滞度和滞后性，并且易吸收水分，有特殊的稳定效应;已经广泛使用于食用、医药、化工、纺织、国防等领域，据不*统计，琼脂、琼脂糖的用途已有1000多种，被国际上称为"新奇的东亚产品"。在食品工业中可用于生产:水晶软糖、定型软糖、水产品、肉类罐头、果汁饮料、果肉饮料、米酒饮料、乳品饮料、精品、乳品蛋糕。由于其良好的生物相容性又广泛用于生物分离介质的生产。简单地说，把琼脂中的琼脂果胶去掉，剩下的部分，就是琼脂糖。
