电泳槽是凝胶电泳系统的核心部分，其系统的迅猛发展主要也是体现在电泳槽上。根据电泳的原理，凝胶都是放在两个缓冲腔之间，电场通过凝胶连接两个缓冲腔。缓冲液和凝胶之间的接触可以是直接的液体接触，也可以间接通过凝胶条或滤纸条。管状凝胶电泳和垂直板状电泳大多采取直接液体接触方式。这种方式可以有效地使用电场，但在装置设计上有一些困难，如液体泄漏，电安全和操作麻烦等问题。水平板状电泳槽大多通过间接方式，用滤纸桥搭接 以及最近使用缓冲液制作的凝胶条和滤纸条搭接，即半干技术，后种方式使装置简化，操作也大大方便。
那么在清洗电泳槽之前，首先有两点需要注意。第一点是阳极电解槽和阳极管罩在清洗时不应安装上，第二点是应先将超滤系统关闭。
清洗步骤说明
1）使用检漏中所使用的水将电泳槽重新灌满；
2）加入碱性脱脂剂（如：氢氧化钾），浓度约为1.5-2.0%，pH为12.0-14.0；
3）启动循环泵，使溶液循环24小时；
4）在24小时的循环中，使所有的阀门启、闭数次，这样可使阀门中所可能积存的碎屑杂物去除掉；
5）在脱脂液循环24小时后，将它转移到下一个需要清洗的最大的浸渍槽中。在脱脂液泵送出电泳槽时，随着溶液液面的降低，要用自来水冲洗槽壁，泵的堰箱的箱壁也要用自来水冲洗。冲洗后排空电泳槽中的液体到浸渍槽中作清洗用；
6）用新的自来水将电泳槽再次注满；
7）开动循环泵；
8）用醋酸将槽中水的pH调整到6.0-7.0，将调整好pH的水循环24小时。循环后的水也要像以前脱脂清洗溶液一样依次利用作清洗以后的各槽；
9）将调节好pH的水依次转移入其余各槽作清洗；
10）在将调节好pH的水泵送移出电泳槽时，随着液位的降低，要用自来水冲洗槽壁，泵的堰箱的箱壁也要用自来水冲洗。然后，排空电泳槽中的水到其它浸渍槽中作清洗用；
11）向电泳槽的泵的堰箱中灌注去离子水，启动泵，用去离子水冲洗管道，将此步骤重复3-4次。
12）将其它浸渍槽和喷淋槽重复上述各清洗步骤，同时要依次清洗好浸渍水洗、喷淋水洗、涂料输送系统、涂料贮槽、超滤贮箱等的清洗；
13）在作完所有槽子和系统的清洗后的脱脂液和调整pH的水要送到废水处理系统作废水处理；
14）检查去离子水的电导，如果低于25us/cm，取水样作检查（缩孔试验）批准，确认系统是否已清洗干净，最后准备补加涂料至电泳槽内。
